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南京中医药大学学报自然科学版杂志社由江苏省教育厅主管，由南京中医药大学主办，是北大核心期刊，CSCD核心期刊，统计源期刊，综合影响因子：2.13，复合影响因子：3.006。 《南京中医药大学学报》（双月刊）创刊于1959年创刊，是由南京中医药大学主办的全国有影响的综合性中医药学术刊物。《南京中医药大学学报》设有学术探讨、临床研究、方药研究、针灸推拿、医史文献临床报道
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